För att ha kontroll över den stora unionen sätter Margaretha utländska eller danska fogdar på kronans slott. Efterhand blir Köpenhamn unionens politiska centrum och i Sverige växer missnöjet med den danska dominansen. Från bergslagen inleds Engelbrektsupproret . Många borgar förstörs under upproret bland annat Öresten och Opensten i Västergötland och Dalaborg i Dalsland.

 

Vid mitten av 1400-talet bryter Sverige unionen och väljer en egen kung Karl Knutsson Bonde. Genom giftermål över gränserna ökar adeln sina egendomar och knyter nya släktförbindelser. I Norge blir det en kamp mellan de som förespråkar den danske kungen Christian I och de som vill att den svenske Karls Knutsson Bonde ska bli ny kung. Andra försöker hitta en mellanställning och vem man är lojal med kan skifta snabbt.
 
Det blir en orolig period på båda sidor om den norsksvenska gränsen. 1455 bränns Lödöse av Christians norskdanska trupper. Större delen av Bohuslän intas av Karl Knutssons svenska styrkor och flera borgar anläggs, bland annat Karlsborgs fäste.

 

Både Karl Knutsson och Christian blir krönta i Norge men det är Christian som till sist segrar. Danmark och Norge fortsätter att vara förenade i en union. Men förhållandet till Sverige är inte stabilt, ibland regerar unionskungen även här men oftast är det olika riksföreståndare som har makten. 

Att det finns en säker förbindelse till västerhavet blir allt viktigare för den svenska handeln. På grund av tullen vid Bohus flyttas staden Lödöse 1473 till den plats som nu kallas Gamlestaden i Göteborg